Historia kościoła w skrócie
Kościół został ufundowany w 1703 roku przez pisarza ziemskiego litewskiego Michała Koszyca dla zakonu jezuitów. Grunt ofiarowała i budowę wsparła rodzina Sapiehów. Z powodu wojen budowa opóźniała się i największe prace wykonano w latach 1715-1730. Kościół św. Rafała stał się tym samym czwartą świątynią jezuitów w Wilnie. Klasztor został ostatecznie ukończony w 1740.
W 1749 roku pożar uszkodził kościół, dlatego w 1751 roku podjęto kolejne prace nad wieżami i fasadą. Odróżniające się od wcześniejszych form kościoła, późnobarokowe dynamiczne zwieńczenia, zaprojektował przypuszczalnie Joannes Dyderszteyn. Kościół otrzymał też dziewięć rokokowych ołtarzy, w tym ołtarz główny, zaprojektowany prawdopodobnie przez Jana Krzysztofa Glaubitza. Architektoniczna kolumnada głównego ołtarza (12 kolumn) z czterema rokokowymi posągami aniołów po obu stronach obrazu, wypełnia całą przestrzeń prezbiterium.
Obraz w ołtarzu głównym przedstawia św. Archanioła Rafała i został namalowany przypuszczalnie przez Szymona Czechowicza.
W 1773 roku, przed kasatą zakonu jezuitów, w konwencie żyło 26 zakonników. Po kasacie gmachy kościelne i klasztorne przejął zakon pijarów, którzy wkrótce sprzedali część klasztoru na koszary, a w pozostałej części do połowy XIX wieku prowadzili kolegium i drukarnię.
W 1844 roku w związku z rozwiązaniem zakonu ich placówka została zamknięta.
W 1792 roku przy kościele została erygowana parafia.
W czasie wojny Napoleona z Rosją w 1812 roku kościół został zniszczony przez wojska francuskie idące na Moskwę.
W 1832 roku, po stłumieniu powstania listopadowego kościół został zamieniony na magazyn armii carskiej. Do użytku sakralnego przywrócono go w 1860 roku.
Podczas II wojny światowej został zbombardowany. 22 czerwca 1941 roku w czasie bombardowania miasta przez Niemców, bomba, która spadła na kościół przebiła sklepienie oraz posadzkę i wpadła do podziemi. Schroniło się tam wiele ludzi, m.in. ks. dr Wacław Siekierko, który wówczas zginął. Był on prefektem szkół średnich w Wilnie i obrońcą węzła małżeńskiego w Sądzie Arcybiskupim.
Po wojnie kościół uniknął tragicznego losu wielu innych świątyń katolickich w Wilnie i przetrwał do czasów współczesnych, mimo że poważniejsze prace restauratorskie przeprowadzono dopiero w 1975 roku
Obecnie służy wiernym jako kościół lokalnej parafii św. Rafała.
Źródło: Wikipedia
Plan parafii przed II Wojną Światową
